Арапиди Георгий Павлович

В лабораторию системной биологии ФНКЦ физико-химической медицины приглашаются студенты для выполнения бакалаврской/магистерской работ и участия в грантах. Предлагаемые работы могут быть выполнены на базе ИБХ РАН и ФНКЦ ФХМ ФМБА. Все исследования проводятся с использованием современных масс-спектрометров и секвенаторов. Основной вектор работ будет направлен в область системной биологии, посвящен сравнению транскриптомных, геномных, протеомных и метаболомных данных.
В случае активного участия в работе лаборатории – материальная поддержка.

Мы предлагаем следующие темы работ:
- Изучение межклеточной коммуникации между раковыми клетками после воздействия химиотерапии (биоинформатический анализ данных RNA-seq, протеомного и метаболомного анализа)
- Исследование влияния белков, участвующих в альтернативном сплайсинге транскриптов, на химиорезистентность пациентов с раком яичников (мета анализ данных shRNA-seq и RIP-seq)
- Поиск эпигенетических и транскрипционных сигнатур эпителиально-мезенхимального перехода при развитии различных видах рака (мета анализ данных портала The Cancer Genome Atlas и других ресурсов)
- Поиск эпигенетических и транскрипционных драйверов геномной нестабильности при развитии рака предстательной железы (мета анализ данных портала The Cancer Genome Atlas и других ресурсов)
- Выявление функциональных связей между потенциальными пептидными биомаркерами социально-значимых заболеваний человека, идентифицированными в сыворотке и плазме крови (экспериментальная работа по выделению белков и пептидов и их дальнейшему анализу методами масс-спектрометрии)
- Поиск и идентификация в сыворотке и плазме крови пептидных фрагментом, не относящихся к известным белкам человека (продукты трансляции lncRNA и sORF, пептиды пищевых продуктов и микробиоты кишечника)
Особый интерес для нашей лаборатории представляют онкологические, аутоиммунные и нейродегенеративные заболевания.

1) Kuznetsov A, Voronina A, Govorun V, Arapidi. Critical Review of Existing MHC I Immunopeptidome Isolation Methods. G. Molecules. 2020 Nov 19;25(22):5409. doi: 10.3390/molecules25225409. PMID: 33228004
2) Anufrieva KS, Shender VО, Arapidi GP, Pavlyukov MS, Shakhparonov MI, Shnaider PV, Butenko IO, Lagarkova MA, Govorun VM. Therapy-induced stress response is associated with downregulation of pre-mRNA splicing in cancer cells. Genome Med. 2018 Jun 27;10(1):49. doi: 10.1186/s13073-018-0557-y. PMID: 29950180
3) Babalyan K, Sultanov R, Generozov E, Sharova E, Kostryukova E, Larin A, Kanygina A, Govorun V, Arapidi G. LogLoss-BERAF: An ensemble-based machine learning model for constructing highly accurate diagnostic sets of methylation sites accounting for heterogeneity in prostate cancer. PLoS One. 2018 Nov 2;13(11):e0204371. doi: 10.1371/journal.pone.0204371. eCollection 2018. PMID: 30388122
4) Sultanov RI, Arapidi GP, Vinogradova SV, Govorun VM, Luster DG, Ignatov AN. BMC Genomics. Comprehensive analysis of draft genomes of two closely related pseudomonas syringae phylogroup 2b strains infecting mono- and dicotyledon host plants. 2016 Dec 28;17(Suppl 14):1010. doi: 10.1186/s12864-016-3358-y. PMID: 28105943
5) Lomakin Y, Arapidi GP, Chernov A, Ziganshin R, Tcyganov E, Lyadova I, Butenko IO, Osetrova M, Ponomarenko N, Telegin G, Govorun VM, Gabibov A, Belogurov A. Exposure to the Epstein-Barr Viral Antigen Latent Membrane Protein 1 Induces Myelin-Reactive Antibodies In Vivo. Jr. Front Immunol. 2017 Jul 6;8:777. doi: 10.3389/fimmu.2017.00777. eCollection 2017. PMID: 28729867
6) Shender VO, Pavlyukov MS, Ziganshin RH, Arapidi GP, Kovalchuk SI, Anikanov NA, Altukhov IA, Alexeev DG, Butenko IO, Shavarda AL, Khomyakova EB, Evtushenko E, Ashrafyan LA, Antonova IB, Kuznetcov IN, Gorbachev AY, Shakhparonov MI, Govorun VM. Proteome-metabolome profiling of ovarian cancer ascites reveals novel components involved in intercellular communication. Mol Cell Proteomics. 2014 Dec;13(12):3558-71. doi: 10.1074/mcp.M114.041194. Epub 2014 Sep 30. PMID: 25271300
7) Pavlyukov MS, Yu H, Bastola S, Minata M, Shender VO, Lee Y, Zhang S, Wang J, Komarova S, Wang J, Yamaguchi S, Alsheikh HA, Shi J, Chen D, Mohyeldin A, Kim SH, Shin YJ, Anufrieva K, Evtushenko EG, Antipova NV, Arapidi GP, Govorun V, Pestov NB, Shakhparonov MI, Lee LJ, Nam DH, Nakano I. Apoptotic Cell-Derived Extracellular Vesicles Promote Malignancy of Glioblastoma Via Intercellular Transfer of Splicing Factors. Cancer Cell. 2018 Jul 9;34(1):119-135.e10. doi: 10.1016/j.ccell.2018.05.012. Epub 2018 Jun 21. PMID: 29937354