Основное направление исследований связано с изучением структуры, свойств и механизмов действия антимикробных белков и пептидов, являющихся молекулярными факторами системы врожденного иммунитета растений. Они имеют разнообразную структурную организацию и обладают широким спектром биологической активности, благодаря чему не только эффективно защищают растения в условиях стресса, но и принимают участие в регуляции их роста и развития. Интерес к растительным антимикробным белкам и пептидам обусловлен не только их важной ролью в физиологии растений, но и возможностью использования для создания устойчивых сельскохозяйственных культур, а также новых противогрибковых и противоопухолевых лекарственных препаратов. Кроме того, многие из них являются пищевыми и ингаляционными аллергенами, которые служат причиной развития аллергических реакций разной степени тяжести и могут применяться в диагностике и лечении аллергии.
В настоящее время Финкина Е. И. является основным исполнителем проекта РНФ 2020-2022 "Молекулярные и клеточные механизмы аллергической сенсибилизации".