Варижук Анна Михайловна

Основные объекты исследования – неклассические структуры нуклеиновых кислот и их комплексы с белками/низкомолекулярными лигандами. Задачи – установить роль неклассических структур ДНК/РНК в развитии патологий (онкологические и нейродегенеративные заболевания) и разработать новые подходы к терапии за счет направленного воздействия на эти структуры.
Также в лаборатории активно развиваются новые научные направления, связанные с диагностикой вирусных заболеваний, рациональным дизайном противовирусных агентов и разработкой молекулярных инструментов для биоимиджинга.
Текущие проекты: 1) прояснение вклада геномных G-квадруплексов в 3D-cтруктуру хроматина; 2) дизайн ратиометрических сенсоров для внутриклеточного рН-имиджинга; 3) разработка микрочипов с иммобилизованными вирусными антигенами для экспресс-профилирования антител к SARS-CoV-2; 4) дизайн низкомолекулярных противоопухолевых соединений – лигандов к неклассическим структурам ДНК; 5) исследование внутриклеточных немембранных органелл.

1.Tikhonova P, Pavlova I, Isaakova E, Tsvetkov V, Bogomazova A, Vedekhina T, Luzhin AV, Sultanov R, Severov V, Klimina K, Kantidze OL, Pozmogova G, Lagarkova M, Varizhuk A. DNA G-Quadruplexes Contribute to CTCF Recruitment. Int J Mol Sci. 2021 Jun 30;22(13):7090. doi: 10.3390/ijms22137090. PMID: 34209337; PMCID: PMC8269367.

2.Tsvetkov V, Varizhuk A, Kozlovskaya L, Shtro A, Lebedeva O, Komissarov A, Vedekhina T, Manuvera V, Zubkova O, Eremeev A, Shustova E, Pozmogova G, Lioznov D, Ismukhametov A, Lazarev V, Lagarkova M. EGCG as an anti-SARS-CoV-2 agent: Preventive versus therapeutic potential against original and mutant virus. Biochimie. 2021 Aug 10;191:27-32. doi: 10.1016/j.biochi.2021.08.003. Epub ahead of print. PMID: 34389380; PMCID: PMC8353982.

3.Turaev AV, Isaakova EA, Severov VV, Bogomazova AN, Zatsepin TS, Sardushkin MV, Aralov AV, Lagarkova MA, Pozmogova GE, Varizhuk AM. Genomic DNA i-motifs as fast sensors responsive to near-physiological pH microchanges. Biosens Bioelectron. 2021 Mar 1;175:112864. doi: 10.1016/j.bios.2020.112864. Epub 2020 Dec 2. PMID: 33309217.

4.Varizhuk A, Isaakova E, Pozmogova G. DNA G-Quadruplexes (G4s) Modulate Epigenetic (Re)Programming and Chromatin Remodeling: Transient Genomic G4s Assist in the Establishment and Maintenance of Epigenetic Marks, While Persistent G4s May Erase Epigenetic Marks. Bioessays. 2019 Sep;41(9):e1900091. doi: 10.1002/bies.201900091. Epub 2019 Aug 5. PMID: 31379012.

5.Tsvetkov VB, Zatsepin TS, Turaev AV, Farzan VM, Pozmogova GE, Aralov AV, Varizhuk AM. DNA i-Motifs With Guanidino-i-Clamp Residues: The Counterplay Between Kinetics and Thermodynamics and Implications for the Design of pH Sensors. Comput Struct Biotechnol J. 2019 Apr 13;17:527-536. doi: 10.1016/j.csbj.2019.04.006. PMID: 31049164; PMCID: PMC6479070.

6.Varizhuk AM, Protopopova AD, Tsvetkov VB, Barinov NA, Podgorsky VV, Tankevich MV, Vlasenok MA, Severov VV, Smirnov IP, Dubrovin EV, Klinov DV, Pozmogova GE. Polymorphism of G4 associates: from stacks to wires via interlocks. Nucleic Acids Res. 2018 Sep 28;46(17):8978-8992. doi: 10.1093/nar/gky729. PMID: 30107602; PMCID: PMC6158749.

7.Tsvetkov VB, Zatsepin TS, Belyaev ES, Kostyukevich YI, Shpakovski GV, Podgorsky VV, Pozmogova GE, Varizhuk AM, Aralov AV. i-Clamp phenoxazine for the fine tuning of DNA i-motif stability. Nucleic Acids Res. 2018 Apr 6;46(6):2751-2764. doi: 10.1093/nar/gky121. PMID: 29474573; PMCID: PMC5888743.