Лаборатория системной геномики и мобиломики растений

Наша лаборатория была организована в 2022 году и объединила молодых учёных, увлечённых изучением мобильных элементов генома растений. Мобильные элементы являются важнейшими естественными драйверами эволюции и селекции растений. Так, например, благодаря редкой активности мобильных элементов появились многие полезные признаки сельскохозяйственных растений. Используя современные методы биоинформатики, молекулярной биологии, геномного редактирования и нанопорового секвенирования, мы исследуем мобильные элементы в геномах сельскохозяйственных (томат, подсолнечник, соя, рапс) и модельных (арабидопсис и табак) растений. Конечная цель наших исследований это глубже понять биологию мобильных элементов, их жизненный цикл и использовать эти знания для разработки новых биотехнологических методов для ускоренного создания новых генотипов растений.

О лаборатории

Ключевые показатели

Научные публикации

Сотрудники лаборатории имеют рейтинговые публикации в журналах Q1, включая Nature plants и Genome Research

Системность

Мы владеем как методами биоинформатики, так и различными «мокрыми» методами, что даёт возможности проводить системные исследования мобилома

Молодой и дружный коллектив

Все сотрудники лаборатории имеют возраст до 39 лет и всегда готовы помочь в освоении новых методов

Наши компетенции

Биология мобилома растений

Изучение взаимодействия вирусоподобных частиц ретротранспозонов растений с молекулами клетки

Управление мобиломом

Разработка новых методов активации мобильных элементов растения для создания новых фенотипов

Создание iTE коллекций растений

Создание генетических коллекций сельскохозяйственных растений, содержащих в геноме новые инсерции транспозонов

Разработка новых методов анализа мобилома

Разработка новых биоинформатических и молекулярных методов для изучения мобильных элементов растений

Команда лаборатории

Илья Киров ›
Заведующий лабораторией, к.б.н.
Максим Дудников
Старший научный сотрудник, к.б.н
Олег Александров
Старший научный сотрудник, к.б.н.

Александр Полховский
Павел Меркулов
Анастасия Власова

Основные публикации:

Kirov, I.; Kolganova, E.; Dudnikov, M.; Yurkevich, O.Y.; Amosova, A.V.; Muravenko, O.V. A Pipeline NanoTRF as a New Tool for De Novo Satellite DNA Identification in the Raw Nanopore Sequencing Reads of Plant Genomes. Plants 2022, 11, 2103. https://doi.org/10.3390/plants11162103
Kirov, I.; Merkulov, P.; Polkhovskaya, E.; Konstantinov, Z.; Kazancev, M.; Saenko, K.; Polkhovskiy, A.; Dudnikov, M.; Garibyan, T.; Demurin, Y.; Soloviev, A. Epigenetic Stress and Long-Read cDNA Sequencing of Sunflower (Helianthus annuus L.) Revealed the Origin of the Plant Retrotranscriptome. Plants 2022, 11, 3579. https://doi.org/10.3390/plants11243579
Ilya Kirov, Pavel Merkulov, Sofya Gvaramiya, Roman Komakhin, Murad Omarov, Maxim Dudnikov, Alina Kocheshkova, Zakhar Konstantinov, Alexander Soloviev, Gennady Karlov, Mikhail Divashuk: Illuminating the plant transposon insertion landscape in real time using Cas9-targeted Nanopore sequencing and a novel pipeline, bioRxiv 2021.06.11.448052; doi: https://doi.org/10.1101/2021.06.11.448052
Kirov, I.; Omarov, M.; Merkulov, P.; Dudnikov, M.; Gvaramiya, S.; Kolganova, E.; Komakhin, R.; Karlov, G.; Soloviev, A. Genomic and Transcriptomic Survey Provides New Insight into the Organization and Transposition Activity of Highly Expressed LTR Retrotransposons of Sunflower (Helianthus annuus L.). Int. J. Mol. Sci. 2020, 21, 9331. https://doi.org/10.3390/ijms21239331
Hibrand Saint-Oyant L, Ruttink T, Hamama L, Kirov I, Lakhwani D, Zhou NN, Bourke PM, Daccord N, Leus L, Schulz D, Van de Geest H. A high-quality genome sequence of Rosa chinensis to elucidate ornamental traits. Nature plants. 2018 Jul;4(7):473-84.

Наши партнеры

Связь с нами

Почта

kirovez@gmail.com

Биофармацевтический корпус МФТИ

г. Долгопрудный, Институтский пер., 9с7, к. 319

г. Москва, ул. Тимирязевская, 42, ФГБНУ ВНИИСБ